O Sistema de Seleção Unificada (SiSU), do qual a UNIPAMPA fez parte, utiliza a nota do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) para ingresso em universidades públicas. Essa foi a primeira edição do SiSU e permitiu que os candidatos se inscrevessem em qualquer universidade que integrasse o Sistema. A UNIPAMPA recebeu alunos de diversas partes do país. Alunos que vieram de longe, como por exemplo, das regiões Norte e Nordeste, já estão frequentando as aulas em toda Universidade e mudando de fato a realidade do ensino na região.

O vice-reitor da UNIPAMPA, professor Norberto Hoppen, lembra que a vinda de estudantes de todos os estados do país confirma a opção pelo ensino público e gratuito de qualidade que a UNIPAMPA já consegue oferecer, mesmo sendo uma instituição tão nova, oficialmente criada em 2008. Segundo o vice-reitor, houve cursos nos quais a vinda de estudantes de fora do Rio Grande do Sul representou 50% dos alunos matriculados.

O mesmo destaque sobre a relevância do sistema adotado pelo MEC foi mencionado pelo coordenador do Processo Seletivo na UNIPAMPA, professor Carlos Dilli, que citou o resultado de 100% das vagas preenchidas como uma resposta da sociedade à política nacional de expansão do ensino superior, promovida pelo atual governo. A UNIPAMPA preencheu 2.465 vagas com a Seleção Simplificada. Somadas às matrículas já existentes em 2009, a Universidade contabiliza quase sete mil alunos matriculados nos 50 cursos existentes.

O técnico-administrativo do Campus São Borja, Eduardo Fonseca, ressalta como principal ponto positivo a convivência cultural e a troca de experiências entre os alunos de diferentes regiões. Ele também frisa que, mesmo sendo essa a primeira edição do SiSU, não houve grandes problemas em relação às matrículas e que a UNIPAMPA esteve bem preparada para este momento.

Camila Tomazoni para a Assessoria de Comunicação